Analiza WGS fundamentem oceny ryzyka - Przewodnik EFSA po bezpieczeństwie mikrobiologicznym

Nowy standard oceny ryzyka

Europejski Urząd ds. Bezpieczeństwa Żywności (EFSA) opublikował we wrześniu 2025 roku kluczowe wytyczne, ujednolicające wymogi naukowe dla oceny ryzyka wszystkich produktów w łańcuchu żywnościowym, które zawierają, są wyprodukowane z lub przy użyciu mikroorganizmów. Celem strategicznym jest harmonizacja dotychczasowych, sektorowych regulacji i zapewnienie spójnego podejścia do oceny bezpieczeństwa, niezależnie od tego, czy mamy do czynienia z bakteriami, grzybami, wirusami czy mikroalgami, zarówno genetycznie modyfikowanymi (GM), jak i niemodyfikowanymi.

WGS jako filar oceny

Centralnym filarem nowych wytycznych jest ustanowienie sekwencjonowania całego genomu (WGS) jako podstawowej metody charakteryzacji. Dla większości mikroorganizmów, w tym bakterii, drożdży i wirusów, analiza WGS jest obecnie wymogiem. Służy ona trzem kluczowym celom: precyzyjnej identyfikacji taksonomicznej, analizie i weryfikacji modyfikacji genetycznych poprzez porównanie szczepu GM z jego niemodyfikowanym szczepem rodzicielskim oraz, co najważniejsze, identyfikacji potencjalnych "genów budzących obawy".

Wytyczne kładą fundamentalny nacisk na analizę oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe (AMR). Proces oceny został jasno ustrukturyzowany: analiza WGS służy do wykrywania genów AMR. Następnie, obowiązkiem wnioskodawcy jest udowodnienie, czy wykryty gen ma charakter "wewnętrzny" (intrinsic), czyli naturalnie występuje u danego gatunku i nie stanowi problemu, czy też "nabyty" (acquired), który jest uznawany za zagrożenie. W przypadku wykrycia genu nabytego lub niepewności co do jego statusu, konieczne jest przeprowadzenie badań fenotypowych (określenie wartości MIC) w celu potwierdzenia, czy gen faktycznie skutkuje opornością. Podobne podejście, oparte na WGS, stosuje się do oceny toksyczności i patogeniczności, np. poprzez poszukiwanie genów wirulencji.

Kategoryzacja produktów - klucz do rozróżnienia zagrożenia i ryzyka

Z perspektywy zarządczej, kluczowe znaczenie ma zdefiniowanie przez EFSA trzech kategorii produktów, które determinują dalszą ocenę ryzyka. Są to:

1. "Środek aktywny": Produkt zawierający żywe, zdolne do namnażania mikroorganizmy.
2. "Biomasa": Produkt z inaktywowanymi mikroorganizmami, gdzie nie ma żywych komórek, ale materiał genetyczny (DNA) zazwyczaj pozostaje.
3. "Szczep produkcyjny": Mikroorganizm używany do wytworzenia substancji (np. enzymu), który jest następnie usuwany z produktu końcowego.

Ta kategoryzacja ma bezpośrednie implikacje dla zarządzania ryzykiem. Obecność nabytego genu AMR w "środku aktywnym" jest uznawana za bezpośrednie ryzyko, ponieważ oczekuje się ekspozycji na żywy szczep. Jednak ten sam gen w "biomasie" lub "szczepie produkcyjnym" jest klasyfikowany jedynie jako zagrożenie. Zagrożenie to nie przekłada się na ryzyko, jeśli producent jest w stanie udowodnić, że proces produkcyjny skutecznie usuwa nośnik zagrożenia z finalnego produktu.

Podsumowanie

Nowe wytyczne precyzyjnie określają, jak należy to udowodnić. W przypadku "biomasy" i produktów wytwarzanych przy użyciu "szczepów produkcyjnych", konieczne jest przedstawienie solidnych danych walidacyjnych, potwierdzających brak:

1. Żywych komórek: Badania muszą być przeprowadzone metodami hodowlanymi (posiew), a nie tylko molekularnymi (PCR), aby wykryć komórki zdolne do wzrostu.
2. DNA: Należy wykazać brak wykrywalnego DNA szczepu (szczególnie jeśli jest to szczep GM lub niosący geny budzące obawy, jak AMR) przy użyciu czułych metod PCR.

Dokument wymaga przeprowadzenia tych analiz na co najmniej dziewięciu próbkach pochodzących z minimum trzech niezależnych partii produkcyjnych wytworzonych w skali przemysłowej. W praktyce oznacza to, że ciężar dowodowy w ocenie bezpieczeństwa przesuwa się w stronę rygorystycznej walidacji procesów downstream i kontroli jakości produktu końcowego.

Źródło: https://efsa.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.2903/j.efsa.2025.9705​