Francuscy naukowcy oceniają wpływ mikrobioty tuszek kurcząt z wolnego wybiegu na przeżywalność Campylobacter podczas przechowywania w chłodni

Campylobacter pozostaje najczęściej zgłaszaną chorobą odzwierzęcą w Unii Europejskiej, w 2024 r. odnotowano ponad 168 tysięcy potwierdzonych przypadków kampylobakteriozy u ludzi. Głównym źródłem zakażeń pozostaje mięso drobiowe, zwłaszcza niedogotowane lub nieprawidłowo przechowywane. Zespół badawczy z Oniris-INRAE (Francja) we współpracy z holenderskim Narodowym Instytutem Zdrowia Publicznego i Środowiska (RIVM) opublikował wyniki badań, które rzucają nowe światło na to, dlaczego bakteria ta tak dobrze radzi sobie na powierzchni mięsa drobiowego mimo warunków chłodniczych.

Cel i przebieg badania

Dotychczasowe prace koncentrowały się głównie na odporności Campylobacter na stres abiotyczny,  temperaturę, tlen czy wysychanie. Tymczasem coraz więcej danych wskazuje, że obecność innych bakterii może wspomagać przetrwanie patogenu, np. poprzez wspólne tworzenie biofilmu. Naukowcy postanowili sprawdzić, czy skład mikrobioty współistniejącej na tuszkach kurcząt z chowu wolnowybiegowego wpływa na przetrwanie bakterii przez tydzień przechowywania w lodówce.

Analizie poddano 310 połączonych popłuczyn z tuszek pobranych w jednej ubojni w północno-zachodniej Francji, badanych zarówno metodami hodowlanymi, jak i metodą sekwencjonowania genu 16S rRNA. Próbki pobierano po schłodzeniu tuszek (dzień 0) oraz po 7 dniach przechowywania w 4°C w warunkach tlenowych (dzień 7), czyli w warunkach zbliżonych do typowego przechowywania kurczaka przez konsumenta. Na podstawie stosunku liczności Campylobacter przed i po przechowywaniu wyodrębniono próbki o najwyższej i najniższej przeżywalności patogenu (po 25% próbek z każdej grupy) i porównano ich profile mikrobiologiczne.

Co wykazano?

Przechowywanie w warunkach chłodniczych istotnie obniżyło poziom Campylobacter (ze średnio 1,3 do 0,8 log CFU/ml). Równocześnie ogólna liczba drobnoustrojów wzrosła z 4,2 do 6,4 log CFU/ml, a różnorodność gatunkowa mikrobioty wyraźnie się zmniejszyła: dominację przejęły bakterie psychrofilne związane z psuciem mięsa, głównie z rodzaju Pseudomonas (67,4% sekwencji po przechowywaniu) i Acinetobacter (9,5%).

Kluczowym elementem pracy była analiza sPLS-DA, która pozwoliła rozdzielić próbki o najwyższej i najniższej przeżywalności Campylobacter na podstawie składu mikrobioty. Próbki, w których Campylobacter przetrwał najlepiej, charakteryzowały się większym udziałem rodzajów: Comamonas, Shewanella, Carnobacterium, Flavobacterium i Acinetobacter. Z kolei próbki z największym spadkiem liczby Campylobacter zdominowane były przez Brochothrix, Pseudomonas, Janthinobacterium, Myroides i Aeromonas.

Dodatkowo, przy użyciu modelu sieciowego Poisson Log-Normal zbadano współwystępowanie Campylobacter z konkretnymi wariantami sekwencji po 7 dniach przechowywania. Wykryto 25 dodatnich powiązań (m.in. z licznymi ASV z rodzaju Pseudomonas, Flavobacterium i Psychrobacter) oraz 17 ujemnych powiązań (głównie z Acinetobacter, Pseudomonas, Shewanella, a także z Brochothrix thermosphacta i Myroides). Co ciekawe, ten sam rodzaj, np. Pseudomonas czy Acinetobacter, wykazywał zarówno dodatnie, jak i ujemne korelacje w zależności od konkretnego wariantu ASV, co autorzy podkreślają jako argument za analizą na poziomie ASV, a nie tylko rodzaju.

Podsumowanie i wnioski

Wyniki sugerują, że sama obróbka chłodnicza nie tłumaczy w pełni przeżywalności Campylobacter na tuszkach, istotną rolę odgrywają też interakcje z towarzyszącą mikrobiotą, w tym z bakteriami typowo kojarzonymi z psuciem mięsa. Autorzy zwracają uwagę, że np. Pseudomonas może w pewnych warunkach wspierać przeżycie Campylobacter (poprzez tworzenie biofilmu w warunkach tlenowych), podczas gdy inne szczepy tego samego rodzaju mogą działać antagonistycznie. Wnioski te otwierają perspektywę opracowania strategii ograniczania kontaminacji Campylobacter opartych nie tylko na warunkach fizycznych przechowywania, lecz również na celowanym kształtowaniu mikrobioty powierzchniowej mięsa drobiowego.

Autorzy podkreślają jednocześnie ograniczenia metody tj. sekwencjonowanie 16S rRNA nie odróżnia DNA żywych i martwych komórek, a rozdzielczość taksonomiczna regionu V3-V4 nie pozwala na jednoznaczną identyfikację na poziomie gatunku. Konieczne są dalsze badania eksperymentalne, aby potwierdzić mechanizmy leżące u podstaw zaobserwowanych korelacji.

Źródło: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0740002026001206?via%3Dihub