Australia decentralizuje nadzór nad Listerią: szybsza analiza genomu, większa skuteczność działań

W ostatnich latach Australia przeszła znaczącą transformację w sposobie monitorowania Listeria monocytogenes – jednego z najgroźniejszych patogenów przenoszonych przez żywność. Wdrożenie zdecentralizowanego sekwencjonowania genomowego na poziomie stanowym doprowadziło nie tylko do skrócenia czasu analizy próbek, ale także wzmocniło cały krajowy system nadzoru.

Od izolatów do sekwencji – ewolucja nadzoru

Od 2015 roku w Australii standardem w nadzorze nad L. monocytogenes stało się sekwencjonowanie całego genomu (WGS). Początkowo wszystkie próbki trafiały do Krajowego Laboratorium Referencyjnego Listerii (NLRL) w Victorii. Z czasem jednak cztery stany – Queensland, Nowa Południowa Walia, Australia Południowa i Australia Zachodnia – rozwinęły własne zdolności sekwencjonowania, przesyłając do NLRL jedynie dane genomowe, a nie fizyczne próbki.

Zmiana ta była kluczowa. Choć początkowo doprowadziła do przejściowych opóźnień, w dłuższej perspektywie przyczyniła się do usprawnienia całego systemu. Najnowsze badania opublikowane w Emerging Infectious Diseases pokazują, że mediana czasu od pobrania próbki do opublikowania raportu nadzoru skróciła się z 32 dni w 2016 roku do 26 dni w 2023 roku – mimo podwojenia liczby analizowanych próbek w latach 2022–2023.

Dane z laboratoriów, żywności i środowiska

W analizowanym okresie (2016–2023) w Australii odnotowano 545 przypadków listeriozy, z których 508 zostało objętych pełną analizą genomiczną. Dodatkowo przebadano 418 próbek pochodzących z żywności i 243 próbki środowiskowe – łącznie 1204 sekwencje.

Największy udział w zbiorze danych miały stany o największej populacji: Nowa Południowa Walia i Wiktoria (65%). Wiktoria wyróżniała się wysokim udziałem próbek żywności (49%), podczas gdy Nowa Południowa Walia dostarczała najwięcej próbek środowiskowych (43%). Taki rozkład wskazuje na różnice w praktykach śledczych między stanami i ich stopniu zaangażowania w kontrolę łańcucha żywnościowego.

Pandemia a wydajność systemu

Nie bez znaczenia pozostaje fakt, że część zmian zbiegła się z pandemią COVID-19. W latach 2020–2021 odnotowano wzrost czasu realizacji analiz – był to jednak efekt przeciążenia laboratoriów publicznych oraz braku jednolitego protokołu przekazywania danych. Pomimo tych trudności, od 2022 roku system odzyskał dynamikę i skuteczność, osiągając rekordowo krótkie czasy analizy w 2023 roku.

Zautomatyzowane przepływy danych kluczem do sukcesu

Jednym z istotnych czynników wpływających na poprawę była automatyzacja – zastosowanie robotów laboratoryjnych oraz przejście z transportu próbek fizycznych na elektroniczny transfer danych. Dzięki temu wiele procesów uległo przyspieszeniu i uproszczeniu, a wzrost liczby analizowanych próbek nie wpłynął negatywnie na terminowość raportów.

Od 2015 roku NLRL wydało ponad 200 formalnych raportów genomicznych dotyczących Listeria monocytogenes, przekazywanych do epidemiologów stanowych i krajowych co dwa tygodnie. W sytuacjach krytycznych dane są udostępniane niemal natychmiast, co pozwala na szybkie działania interwencyjne.

Lekcja dla innych krajów

Australijski model pokazuje, że decentralizacja sekwencjonowania – o ile odpowiednio zaplanowana i wsparta automatyzacją – może skutecznie usprawnić system nadzoru. Dzięki zwiększeniu przepustowości laboratoriów regionalnych i skróceniu czasu oczekiwania na wyniki, możliwe staje się szybsze reagowanie na ogniska listeriozy i lepsze identyfikowanie źródeł skażenia.

Eksperci zwracają jednak uwagę, że skuteczność WGS w ograniczaniu liczby przypadków zależy również od innych czynników: szybkości działań zdrowia publicznego, identyfikacji uporczywych źródeł skażenia oraz przestrzegania zasad bezpieczeństwa żywności.

Podsumowanie

Australia udowodniła, że decentralizacja i nowoczesne technologie mogą wzmocnić nadzór epidemiologiczny, nawet w obliczu wzmożonego obciążenia systemu ochrony zdrowia. Model ten – łączący lokalne zdolności z centralną analizą danych – może być inspiracją dla innych krajów pragnących rozwijać własne systemy nadzoru genomowego patogenów.

Źródło: CDC​