Listeria monocytogenes w produktach gotowych do spożycia (RTE) - luki w ocenie ryzyka

Wypełnianie luk i brakujących elementów przeprowadzenia oceny ryzyka występowania Listeria monocytogenes w produktach gotowych do spożycia (RTE) - Sekwencjonowanie genomu (WGS) – „Whole Genome Sequencing”

Europejski Urząd Bezpieczeństwa Żywności (EFSA) opublikował ostatnio raport, który przedstawia wyniki projektu "Wypełniając luki do wykonywania oceny ryzyka dla Listeria monocytogenes w produktach gotowych do spożycia (RTE): aktywność 3, porównywania izolatów z różnych etapów wzdłuż łańcucha żywnościowego, oraz od ludzi z wykorzystaniem techniki całościowego sekwencjonowania genomu (WGS).”

Głównym celem badania było porównanie L. monocytogenes  w izolatach próbek gotowej do spożycia (RTE) żywności, zebranych w UE, na różnych etapach wzdłuż całego łańcucha żywnościowego oraz od poszkodowanych osób przy zastosowaniu techniki WGS.

Łącznie do badań wybranych zostało 1143 izolatów  L. monocytogenes, w tym 333 klinicznie wyizolowane od ludzi oraz 810 izolatów z łańcucha żywnościowego. Izolaty zostały poddane procesowi  całościowego  sekwencjonowania genomu. Filogeneza (pochodzenie) wykazało wyraźny opis pomiędzy rodowodem L. monocytogenes oraz pomiędzy kompleksami klonowymi w obrębie rodów.  Zastosowano szereg metod różnicowania i sekwencjonowania danych w celu zapewnienia ram niezbędnych do udzielenia odpowiedzi na pytania dotyczące różnorodności genetycznej i relacji epidemiologicznych.

Retrospektywna analiza ​​dziewięciu przypadków ognisk zatruć wykazała, że WGS jest potężnym narzędziem w krajowych i międzynarodowych badaniach epidemii, jako że pozwala dokładnie określić izolaty biorące udział w zatruciu lub nie. Modele atrybucji źródeł pokazały że rezerwuar mikroflory bydlęcej jest głównym źródłem chorób u ludzi, choć również inne źródła  przyczyniały się istotnie do zachorowań, a  przedziały ufności były wysokie.

Liczne, spójne genetycznie powiązania zostały zidentyfikowane pomiędzy teoretycznie niepowiązanymi szczepami, z których część występowała w izolatach z wielu krajów. Obecność przypuszczalnych markerów dających potencjał do przetrwania/namnażania się w łańcuchu żywnościowym i/lub powodowania choroby u ludzi została zbadana przez wykrywanie obecności domniemanych genów wirulencji, genów AMR i czynników dających możliwość przetrwania w łańcuchu przetwórstwa żywności.

Badanie wykazało jedną z głównych zalet metody WGS, czyli przydatność do rozwiązania szeregu problemów i odpowiedzi na pytania, w tym dotyczących zjadliwości, oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe, przypisania źródła pochodzenia, nadzoru, wykrywania oraz dochodzenia epidemiologicznego w jednym eksperymencie.

Zródło :

1.  http://www.efsa.europa.eu