FSIS stawia na sekwencjonowanie całego genomu w analizie izolatów E. coli i Salmonelli

Rozszyfrowanie całego DNA

Sekwencjonowanie całego genomu (WGS) polega na ustaleniu kolejności wszystkich nukleotydów w DNA danego organizmu podczas pojedynczej procedury laboratoryjnej. Porównanie sekwencji DNA wyizolowanego patogenu bakteryjnego z materiałem genetycznego z innych próbek zgromadzonych w bazie danych pozwala na precyzyjną identyfikację źródeł zakażeń żywności. Narzędzia analityczne stosowane w WGS są stale udoskonalane, co sprawia, że metoda ta staje się coraz dokładniejsza, prostsza i tańsza. Z tego powodu wiele instytucji zajmujących się zdrowiem publicznym wybiera WGS jako podstawową technikę w badaniu przyczyn zatruć drobnoustrojami takimi jak Listeria i Salmonella oraz patogennymi szczepami Escherichia coli, w tym E. coli O157:H7.

WGS zamiast PFGE

Wydział ds. Bezpieczeństwa Żywności i Kontroli (FSIS) Departamentu Rolnictwa Stanów Zjednoczonych (USDA) zorganizował niedawno spotkanie mające na celu przedyskutowanie obecnie stosowanych metod badawczych oraz sformułowanie planów związanych ze zbieraniem i analizowaniem danych WGS dla bakterii z pobranych w trakcie oficjalnych procedur próbek. W roku podatkowym 2017 wszystkie patogeny bakteryjne wyizolowane w ramach programów kontrolnych FSIS były analizowane z równoległym wykorzystaniem technik WGS oraz elektroforezy w zmiennym polu elektrycznym (PFGE). W opublikowanym 14 grudnia 2018 r. dokumencie FSIS ogłosiło, że zawiesza wszystkie rutynowe analizy PFGE, które zostaną zastąpione przez WGS. W przypadku analizy E. coli produkującej toksynę Shiga (STEC) postanowienie to wejdzie w życie 15 stycznia 2019 r., a w odniesieniu do Salmonelli – 15 marca 2019 r.

Szybka i efektywna identyfikacja źródeł zakażeń

FSIS przeprowadza inspekcje w niemal 6,5 tys. zakładów dziennie i pobiera rutynowo do badań mikrobiologicznych ogromne ilości materiału. W ramach Programu Kontroli Mikroorganizmów w produktach z mięsa i drobiu gotowych do spożycia (RTE) FSIS zebrało i przeanalizowało na obecność Salmonelli i Listerii monocytogenes 6 892 próbki żywności, a także zbadało 4 614 próbki pobrane z powierzchni mających kontakt z żywnością na obecność L. monocytogenes. Wraz z rozpowszechnianiem technologii WGS, metoda ta będzie coraz częściej wykorzystywana do szybkiej i efektywnej identyfikacji źródeł zakażeń żywności. Niewykluczone, że w niedalekiej przyszłości pozwoli to na odpowiednio wczesną detekcję patogenów w środowisku w celu zapobiegania jakimkolwiek skażeniom produktów spożywczych przez drobnoustroje chorobotwórcze.

Źródła:

• https://www.fsis.usda.gov/wps/wcm/connect/884011e1-19e9-4506-a738-9bade3e95772/ConstiUpdate121418.pdf?MOD=AJPERES&CONVERT_TO=url&CACHEID=884011e1-19e9-4506-a738-9bade3e95772
• https://www.dailyintakeblog.com/2018/12/fsis-announces-move-from-pulsed-field-gel-electrophoresis-to-whole-genome-sequencing-for-analyzing-shiga-toxin-producing-e-coli-stec-and-salmonella-isolates/#page=1