WHO publikuje wytyczne dotyczące wykorzystania WGS w nadzorze nad chorobami przenoszonymi przez żywność

Światowa Organizacja Zdrowia (WHO) opublikowała kompleksowy przewodnik dotyczący wykorzystania sekwencjonowania całego genomu (WGS) jako narzędzia do wzmocnienia nadzoru i reagowania na choroby przenoszone przez żywność.   

Wytyczne składają się z trzech modułów, które dostarczają szczegółowych informacji na temat wdrażania WGS w kontekście bezpieczeństwa żywności.   

• Moduł wprowadzający wyjaśnia minimalne wymagania dotyczące wydajności w systemie nadzoru i reagowania na choroby przenoszone przez żywność przed rozważeniem wdrożenia WGS.
• Moduł 2 - Sekwencjonowanie całego genomu w badaniach ognisk chorób przenoszonych przez żywność, omawia, w jaki sposób można wykorzystać WGS do wspierania badań ognisk chorób przenoszonych przez żywność.
• Moduł 3 - Sekwencjonowanie całego genomu w rutynowym nadzorze chorób przenoszonych przez żywność , opisuje zastosowanie WGS w rutynowym nadzorze chorób przenoszonych przez żywność.

Moduł 1

Pierwszy moduł służy jako wprowadzenie i określa minimalne wymagania dotyczące możliwości włączenia WGS do systemów nadzoru i reagowania na choroby przenoszone przez żywność. Obejmuje niezbędne zdolności epidemiologiczne i laboratoryjne, a także zdolność systemu bezpieczeństwa żywności do skutecznego reagowania na ogniska chorób. Przewodnik oferuje również opcje integracji WGS z istniejącymi systemami i jest skierowany do specjalistów zdrowia publicznego zaangażowanych w nadzór i reagowanie na choroby przenoszone przez żywność.   

W przewodniku zwrócono jednak uwagę na pewne wyzwania związane z wdrażaniem WGS. Obejmują one brak uzgodnionego na szczeblu międzynarodowym znormalizowanego podejścia do analizy WGS, potrzebę szkolenia w zakresie analizy i interpretacji danych genetycznych wśród personelu oraz kwestie związane z udostępnianiem danych. Podkreślono również opłacalność finansową WGS, podkreślając znaczenie gromadzenia odpowiedniej liczby izolatów podczas epidemii, aby technika była opłacalna. 

Link: https://www.who.int/publications/i/item/9789240021228

Moduł 2

Drugi moduł koncentruje się na tym, w jaki sposób WGS może wspierać badania ognisk chorób przenoszonych przez żywność. Jest on przeznaczony dla krajów, które są na wczesnym etapie wdrażania nadzoru laboratoryjnego dla wybranych patogenów lub mają ograniczone doświadczenie z WGS i chcą budować swój potencjał. Przewodnik zawiera informacje na temat zalet i wad rozwijania własnych zdolności laboratoryjnych w porównaniu z outsourcingiem komponentu mokrego laboratorium i bioinformatycznej analizy danych sekwencyjnych. Oferuje również wskazówki dotyczące tworzenia uzasadnienia biznesowego dla WGS i przeprowadzania badań pilotażowych.   

Według WHO, podczas gdy dane WGS nie zapewniają ostatecznego potwierdzenia źródła epidemii, ustanawiają one solidniejsze połączenie i pomagają w zawężeniu zakresu dochodzenia, ostatecznie zwiększając odkrycia epidemiologiczne i śledzące.

Link: https://www.who.int/publications/i/item/9789240021242

Moduł 3

Trzeci moduł jest przeznaczony dla krajów, które już ustanowiły laboratoryjny nadzór nad patogenami. Obejmuje on wykorzystanie WGS do monitorowania trendów w czasie, a także jego zastosowanie w monitorowaniu oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe (AMR) i czynników wirulencji. Przewodnik zaleca rozpoczęcie od jednego patogenu do rutynowego nadzoru i zwiększanie skali w miarę zwiększania możliwości w laboratorium i agencjach zdrowia publicznego. Odnosi się również do wyzwań związanych z definiowaniem klastrów, które wymagają monitorowania zdrowia publicznego i zawiera wskazówki dotyczące udostępniania wyników WGS agencjom zdrowia publicznego i częstotliwości raportowania.

Link: https://www.who.int/publications/i/item/9789240021266

Podsumowanie

Oczekuje się, że wydanie tych wytycznych przez WHO będzie miało znaczący wpływ na nadzór i reagowanie na choroby przenoszone przez żywność na całym świecie. WGS może zrewolucjonizować wykrywanie i monitorowanie zagrożeń mikrobiologicznych w łańcuchu żywnościowym, usprawniając rutynowy nadzór, wykrywanie ognisk, reagowanie i identyfikację źródła. Zapewniając jasne i praktyczne zalecenia, WHO ma na celu ułatwienie przyjęcia i wdrożenia WGS jako cennego narzędzia w walce z chorobami przenoszonymi przez żywność.   

Wydanie tego przewodnika przez WHO podkreśla zaangażowanie organizacji w promowanie bezpieczeństwa żywności i zmniejszanie obciążenia chorobami przenoszonymi przez żywność na całym świecie. Dzięki odpowiedniemu przyjęciu i wykorzystaniu WGS, kraje mogą wzmocnić swoje systemy nadzoru i reagowania, prowadząc do skuteczniejszego zapobiegania i kontroli chorób przenoszonych przez żywność.

Wytyczne dotyczące udostępniania danych o genomie patogenu opublikowano już w 2022 r.: Wytyczne WHO dotyczące udostępniania danych o genomie patogenu.

Źródło: WHO