Czym jest zaawansowane profilowanie mikrobiologiczne i jak można je wykorzystać?

Tradycyjne metody wykrywania problemów powodowanych przez mikroorganizmy wymagają hodowli tego mikroorganizmu, co wiąże się z ograniczeniami związanymi z  z warunkami stosowanymi do hodowli drobnoustrojów.

AMP (ang. advanced microbial profiling - zaawansowane profilowanie drobnoustrojów) to nowoczesna technika sekwencjonowania DNA stosowana do określania unikalnej mieszanki mikroorganizmów (mikrobiomu) w próbce bez konieczności hodowania ich w laboratorium. Technika AMP, wskazując nie tylko te mikroorganizmy, które można wyhodować, może pomóc rozwiązać wiele problemów, które nękają przemysł spożywczy.

Zalety AMP

AMP to technika, która wykorzystuje najnowsze postępy w technologii sekwencjonowania DNA, umożliwiając odczytanie ogromnej liczby różnych, indywidualnych sekwencji DNA w dowolnym czasie. Oznacza to, że poszczególne sekwencje DNA mieszanej populacji bakterii można odczytać bezpośrednio z pojedynczego ekstraktu DNA próbki żywności.

Zaletą jest również to, że wcześniej niehodowane organizmy można zidentyfikować i potrzeba niewiele wysiłku, aby uzyskać dane dotyczące składu bakteryjnego próbki.

Zalety AMP w stosunku do tradycyjnych technik hodowli:

• identyfikuje organizmy, które są trudne lub niemożliwe do hodowli w laboratorium
• identyfikuje zarówno zdrowe, jak i zranione organizmy
• potrafi analizować dziesiątki próbek jednocześnie
• potrafi analizować tysiące genów markerów mikrobiologicznych jednocześnie w jednej próbce

Zastosowanie AMP

Technologia AMP została wykorzystana do projektu badawczego w celu poprawy oceny okresu przydatności do spożycia poprzez zbadanie:

• który organizm jest naprawdę odpowiedzialny za psucie się żywnośći
• eksperymentalnych błędów występujących podczas stosowania selektywnych podejść opartych na agarze
• zmian mikrobiomu podczas superchillingu (metoda obróbki termicznej wydłużająca trwałość produktu)
• jak śledzić mięso do miejsca w którym zostało przetworzone
• wpływu zarządzania hodowlą zwierząt na mikroflorę

Kolejne badania

Nowy projekt badawczy będzie miał na celu ocenę specyfikacji mikrobiologicznych dla szeregu schłodzonych produktów i przeanalizuje wpływ naturalnie występującej mikroflory na wzrost patogennej mikroflory. Pozwoli to na ustalenie specyfikacji dla tych organizmów, które mogą budzić obawy, potencjalnie wydłużając okres przydatności do spożycia. Wskazanie wpływu, jaki ma mikroflora, pozwoli producentom lepiej zrozumieć, a tym samym zwiększyć zaufanie do zdolności przechowalniczych produktów oraz zwiększy możliwości zachowania bezpieczeństwa produktu w przypadku wystąpienia zanieczyszczenia.

Źródła:

https://www.campdenbri.co.uk/news/amp.php

http://www.fao.org/3/x5910e/x5910e01.htm