Whole Genome Sequencing - FSIS przechodzi do korzystania z technologii WGS dla izolatów Salmonella w celu określenia serotypu.

FSIS zapowiada modernizację metod laboratoryjnych w celu określenia serotypu izolatów Salmonella. Dla wszystkich próbek dodatnich pod kątem Salmonelli zebranych po 1 stycznia 2020 r. do określenia serotypu Salmonelli zostaną wykorzystane dane sekwencjonowania całego genomu (WGS).

Metody badawcze

Poprzednio FSIS zmodernizował metodologię serotypu Salmonella w 2012 r., kiedy to wprowadził serotypowanie molekularne, aby zastąpić do rutynowych analiz tradycyjne technologie aglutynacji. Wszelkie izolaty wymagające dalszej klasyfikacji były przesłane do laboratorium USDA National Veterinary Services Laboratory (NVSL) w celu tradycyjnego serotypowania (aglutynacja). Za pomocą narzędzi bioinformatycznych, które opracowano w ciągu ostatnich kilku lat, analizowano dane z WGS w celu ustalenia serotypu Salmonella. Od 2016 r. FSIS przeprowadził serotypowanie molekularne równolegle z analizą serotypową WGS.

Porównanie wyników

FSIS niedawno przeprowadził porównanie wyników oznaczania serotypu Salmonella przy użyciu serotypowania molekularnego i przy użyciu ulepszonych narzędzi bioinformatycznych do analizy danych WGS. Z 9 842 izolatów Salmonelli sekwencjonowanych przez FSIS od 2016 r., 98,21% serotypów określonych na podstawie danych WGS było zgodnych z serotypem określonym przez serotypowanie molekularne i / lub ze wsparciem tradycyjnych serotypów USDA NVSL. Ten wysoki poziom zgodności wsparł przejście do rutynowego korzystania z WGS w celu określenia serotypu Salmonella i zaprzestania równoległych analiz.

Zalety i dalsze działania

Porównując wykorzystywany obecny proces FSIS do wykonywania oznaczeń techniką WGS, informacje o serotypie będą zazwyczaj dostępne 7 dni po potwierdzeniu izolatu. FSIS planuje utrzymać możliwości serotypowania molekularnego i będzie nadal wysyłać izolaty do NVSL w celu dalszej klasyfikacji w rzadkich przypadkach, w których serotypu Salmonella nie można ustalić za pomocą WGS. Dodatkowo FSIS zamierza przedstawić te ustalenia na nadchodzącym spotkaniu IAFP w 2020 r. i jest w trakcie opracowywania publikacji w czasopiśmie naukowym.

Źródło: FSIS