ECDC zaleca stosowanie WGS w analizie klastrów w sytuacjach wybuchów chorób

Na zlecenie ECDC powstał raport opracowany przez zespół ekspertów z Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego i Środowiska (RIVM) w Holandii. Opracowanie zawiera szczegółowe podsumowanie wyników czternastej edycji zewnętrznej oceny jakości (EQA), obejmującej ocenę metod serotypowania oraz analizę klastrów molekularnych Salmonella, stosowanych rutynowo przez laboratoria referencyjne w Europie. Raport opisuje organizację badania, zastosowane metody, ocenę wyników, a także rekomendacje dotyczące dalszego doskonalenia nadzoru nad salmonellozami. W publikacji znajdują się również szczegółowe analizy wyników uczestniczących laboratoriów, omówienie ich skuteczności oraz wnioski i zalecenia dla laboratoriów krajowych oraz sieci FWD-Net i ECDC.

Salmonella spp. są drugą najczęściej zgłaszaną chorobą odzwierzęcą u ludzi

Infekcje wywołane przez bakterie z rodzaju Salmonella spp. są drugą najczęściej zgłaszaną chorobą odzwierzęcą u ludzi. W 2023 roku w Unii Europejskiej zgłoszono 77 486 przypadków. Salmonella jest również związana z największą liczbą ognisk chorób przenoszonych drogą pokarmową. Ogólny trend zachorowalności na salmonellozę w UE w latach 2017–2023 nie wykazywał istotnego wzrostu ani spadku. Aby zapobiegać dalszemu rozprzestrzenianiu się chorób przenoszonych drogą pokarmową, takich jak salmonelloza, konieczne jest wdrożenie systemów nadzoru na różnych poziomach, aby monitorować choroby, umożliwiać krajom wczesne wykrywanie ognisk i skutecznie na nie reagować.

W tym celu ECDC określiło cele nadzoru, które obejmują monitorowanie trendów i prowadzenie wielonarodowego wykrywania ognisk salmonellozy oraz innych patogenów. Cele te wspierają ocenę i monitorowanie programów zapobiegania i kontroli, identyfikację grup ryzyka wymagających ukierunkowanej profilaktyki, ocenę obciążenia chorobami, generowanie hipotez na temat źródeł i dróg transmisji oraz określanie potrzeb badawczych. Realizacja tych celów opiera się w dużej mierze na danych dostarczanych przez Krajowe Laboratoria Referencyjne Zdrowia Publicznego (NPHRL) krajów UE i Europejskiego Obszaru Gospodarczego (EOG).

Serotypowanie obejmowało 12 izolatów z różnymi, starannie wybranymi serowarami. W analizie klastrów wybrano 10 izolatów monoploidalnych S. Typhimurium, zawierających izolaty klastrowe i nieklastrowe, które symulowały rzeczywiste ognisko epidemii w scenariuszu przyjęcia sąsiedzkiego. Ponadto uczestnikom korzystającym z sekwencjonowania całego genomu (WGS) udostępniono surowe odczyty pięciu izolatów, które miały pełnić rolę próbek żywnościowych, a uczestnicy mieli określić, który produkt spożywczy najprawdopodobniej spowodował ognisko.

W serotypowaniu wzięło udział 29 laboratoriów, z czego 55% (16/29) stosowało wyłącznie fenotypowe serotypowanie oparte na aglutynacji z antyserami, 3% (1/29) łączyło aglutynację z antyserami i metody molekularne inne niż WGS, 24% (7/29) łączyło aglutynację z antyserami z przewidywaniem serotypu za pomocą WGS, a 17% (5/29) stosowało wyłącznie przewidywanie serotypu za pomocą WGS. Większość laboratoriów osiągnęła wysokie wyniki, 14 uzyskało 100%, a pięć 92%. W grupie 10 laboratoriów z najniższymi wynikami (<92%), sześć stosowało wyłącznie metody fenotypowe, dwa korzystały tylko z WGS, a dwa łączyły aglutynację z antyserami z WGS. Nie stwierdzono istotnych różnic w wynikach serotypowania przy stosowaniu różnych metod (p=0,5598, ꭕ2).

W molekularnej analizie klastrów uczestniczyły 24 laboratoria, co było porównywalne z EQA-13 (2023). Zastosowanie WGS jako rutynowego podejścia w analizie klastrów wzrosło z 96% do 100% w porównaniu z EQA-13, natomiast liczba uczestników stosujących analizę MLVA spadła z 13% do 8%. Metoda PFGE nie była stosowana przez żadne laboratorium w EQA-14, co potwierdza jej ograniczoną przydatność w ocenie ognisk międzynarodowych.

ECDC zaleca stosowanie WGS w analizie klastrów w sytuacjach wybuchów chorób

Przesyłanie danych WGS w czasie rzeczywistym do Europejskiego Systemu Nadzoru (TESSy) wspiera wykrywanie klastrów na poziomie unijnym i przyspiesza badania ognisk chorób. Wyniki EQA-14 potwierdzają wysoką zdolność laboratoriów do stosowania zaawansowanych metod typowania i ich wkład w międzynarodowy nadzór zdrowotny.

https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/fourteenth-external-quality-assessment-salmonella-typing-eueea-and-eu-enlargement​