Nowa, szybka metoda detekcji Salmonelli – efekt pracy naukowców

W maju br. w Journal of Molecular Diagnostics ukazał się artykuł prezentujący badania nad nową, wysoce czułą metodą detekcji oraz określania pięciu dominujących serotypów Salmonelli.

Australijscy naukowcy w artykule pt.: „Highly Sensitive and Specific Detection and Serotyping of Five Prevalent Salmonella Serovars by Multiple Cross-Displacement Amplification” zaprezentowali efekt swojej pracy - czuły i specyficzny test do wykrywania różnych serotypów Salmonelli, zaprojektowany w celu utorowania drogi do szybkiego określenia serotypu bezpośrednio z próbek. Według autorów artykułu metoda ta, to poprawa w stosunku do obecnych metod badawczych i może odegrać kluczową rolę w szybkim ustaleniu pochodzenia infekcji.

Ostatnie dane opublikowane przez CDC wskazują, że zatrucia pokarmowe wywołane przez bakterie Salmonella prowadzą do 1,35 mln zakażeń, 26 500 hospitalizacji i 420 zgonów rocznie w samych tylko Stanach Zjednoczonych. Mówi się, że podczas wybuchu epidemii szybkość i prostota testu jest bardzo ważna dla wykrycia określonych rodzajów bakterii, aby służba zdrowia publicznego mogła ustalić ich źródło.

Opis metody MCDA

Salmonella w próbce klinicznej lub spożywczej może być obecna w bardzo małych ilościach i dlatego wymaga bardzo czułych metod jej wykrywania. Amplifikacja izotermiczna, nazywana amplifikacją wielokrotnego przemieszczenia krzyżowego (MCDA) jest metodą, która umożliwia szybko wykryć bardzo małe ilości DNA. Ponadto jest wykonywana w jednej, stałej temperaturze, w przeciwieństwie do cyklicznych zmian temperatury wymaganych w innych metodach, takich jak np. PCR. Dzięki temu nadaje się ona do przeprowadzenia prostego, szybkiego i czułego testu wykrywania bakterii. Chociaż test MCDA na Salmonellę już istnieje, to nie można za jego pomocą rozróżniać różnych serotypów.

Naukowcy z University of New South Wales w Sydney w Australii opracowali badanie metodą MCDA dla każdego z siedmiu serotypów (podtypów) Salmonelli. Wszystkie te testy wykrywają zaledwie 10 kopii DNA i umożliwiają uzyskanie wyniku w ciągu około ośmiu minut. Jak twierdzą naukowcy testy te nie wymagają specjalistycznego sprzętu, co upraszcza ich przyszłe zastosowanie w warunkach klinicznych lub przemysłowych.

Testy są unikatowe, ponieważ zastosowane markery genowe zostały wybrane na podstawie analizy tysięcy genomów. W ten sposób markery te są przyszłościowym dowodem na określanie serotypu Salmonelli w erze niezależnych od kultury testów diagnostycznych.

Co różni nową metodę od tradycyjnych?

Tradycyjne metody rozróżniania serotypów Salmonelli polegają na wyhodowaniu bakterii z próbek, a następnie przetestowaniu ich w celu przypisania do serowaru. Badanie MCDA jest szybsze, ponieważ nie wymaga uprzedniego wyhodowania bakterii w hodowli. Może wykryć bardzo małe ilości DNA Salmonelli.

Chociaż istnieją setki serotypów Salmonelli, naukowcy do swoich badań wybrali pięć najczęściej występujących w Australii, które powodują ponad 85 proc. infekcji Salmonellą w tym kraju. Jednakże co najmniej dwa z tych serotypów są również najlepszymi serotypami Salmonelli na świecie, dlatego uważają oni, że wyniki te mają zastosowanie również do innych regionów geograficznych.

Źródło: https://jmd.amjpathol.org/article/S1525-1578(20)30050-7/pdf