Komisja uchwaliła wieloletni program kontroli na lata 2021–2025. Mają one być przeprowadzane przez ekspertów Komisji w państwach członkowskich w celu weryfikacji stosowania prawodawstwa Unii dotyczącego łańcucha rolno-spożywczego. 

Szczegóły dotyczące wieloletniego programu kontroli na lata 2021–2025, które mają być przeprowadzane przez ekspertów Komisji w państwach członkowskich w celu weryfikacji stosowania prawodawstwa Unii dotyczącego łańcucha rolno-spożywczego jest decyzja Komisji 2020/1550 z dnia 23 października 2020 r. 

Podstawą przeprowadzania kontroli w ramach wieloletniego programu jest art. 116 rozporządzenia 2017/625, który reguluje kwestie przeprowadzania kontroli oraz audytów przez ekspertów Komisji w państwach członkowskich. Ich zadaniem jest przede wszystkim zweryfikowanie czy w poszczególnych krajach przestrzegane są odpowiednie przepisy prawa żywnościowego określone w art. 1 ust. 2 rozporządzenia 2017/625 w zakresie urzędowych kontroli. Obowiązek egzekwowania prawodawstwa unijnego w zakresie łańcucha rolno-spożywczego spoczywa na państwach członkowskich, których właściwe organy – poprzez organizację kontroli urzędowych – monitorują i weryfikują, czy odpowiednie wymogi unijne są faktycznie przestrzegane i egzekwowane. Natomiast nad działaniami państw członkowskich w tym zakresie czuwa Komisja, która poprzez swoich ekspertów jest zobowiązana do przeprowadzania kontroli i audytów w poszczególnych krajach członkowskich Unii Europejskiej. Zadaniem ekspertów Komisji jest także zweryfikowanie funkcjonowania krajowych systemów kontroli, badanie i gromadzenie informacji na temat ważnych i powtarzających problemów w zakresie stosowania lub egzekwowania przepisów, jak również w odniesieniu do sytuacji nadzwyczajnych, pojawiających się problemów lub rozwoju sytuacji w państwach członkowskich. 

Komisja określiła pewne obszary priorytetowe, do których w trakcie kontroli będzie przywiązywana szczególna uwaga, a mianowicie w dziedzinach: bezpieczeństwa żywności i pasz, jakości żywności, zdrowia i dobrostanu zwierząt, zdrowia roślin, środków ochrony roślin oraz funkcjono­wania krajowych systemów kontroli i właściwych organów. Kontrole przeprowadzane przez Komisję obejmują wszystkie państwa członkowskie i dotyczą wszystkich obszarów priorytetowych. Natomiast konkretne kwestie objęte pojedynczymi kontrolami są dostosowywane do sytuacji w każdym państwie człon­kowskim. W konsekwencji, zaplanowane kontrole będą miały nie tylko kompleksowy charakter, ale także będą cechowały się pewną elastycznością, ponieważ będą dostosowane do konkretnych sytuacji oraz okoliczności. W ramach kontroli eksperci komisji będą współpracować z krajowymi, właściwymi organami oraz przeprowadzać kontrole, w tym weryfikacje na miejscu, audyty i analizy dokumentacji zgodnie z art. 116 rozporządzenia 2017/625.

Plan kontroli uwzględnia następujące obszary i cele szczegółowe:

1. Żywność i bezpieczeństwo żywności.
2. Pasze i bezpieczeństwo pasz.
3. Zdrowie zwierząt.
4. Dobrostan zwierząt.
5. Zdrowie roślin.
6. Wprowadzanie do obrotu i stosowanie środków ochrony roślin oraz zrównoważone stosowanie pestycydów.
7. Jakość żywności. 
8. Wprowadzanie na terytorium Unii zwierząt i towarów z państw trzecich. 
9. Oporność na środki przeciwdrobnoustrojowe.  
10. Ogólne aspekty w ramach łańcucha rolno-spożywczego. 
11. Wieloletni program kontroli na lata 2021–2025 w podziale na poszczególne lata. 

Ostatni punkt stanowi tabelę w ramach, której w formie graficznej przedstawiono terminarz zaplanowanych działań wraz z podziałem na konkretne lata, w jakich ma być realizowany. Opracowanie planu wieloletnich kontroli jest przejawem realizacji założeń „Zielonego Ładu”, który stanowi priorytet działań Komisji oraz strategii „od pola do stołu” leżących u podstaw wspólnej polityki rolnej.